Unidad de Análisis Multigénico

Introducción

La sección de Análisis Multigénico disponible en la Unidad Central de Investigación de la Facultad de Medicina de Valencia está destinada a ofrecer un servicio tecnológico del más alto nivel, tanto a investigadores de la misma universidad como a otras instituciones públicas o privadas.

El Servicio cuenta con una plataforma Affymetrix, de tecnología moderna y de potente instrumentación, que posibilita el análisis simultáneo de miles de genes de forma cuantitativa y reproducible; permite, además, el análisis de microarrays de expresión, de exones y microRNA, como estudios de SNP, LOH, mosaicismos y mapeado de lugares de unión de factores de trasncripción e investigación de nuevos elementos transcripcionales.

El equipamiento se completa con la plataforma de secuenciación masiva NextSeq 550 de tecnología Illumina. Este equipo ofrece flexibilidad para adaptarse a una gran variedad de estudios como la secuenciación de exomas y transcriptomas completos, genomas pequeños y medianos, paneles de genes y amplicones

Los estudios que se desarrollan se centran en estudios de expresión génica del genoma completo, de miRNAs de distintos organismos como por ejemplo humano, ratón, rata, mosca, levadura, tomate y plantas. Además, se realizan estudios de polimorfismos SNPs, LOH, CNVs, mosaicismos, tiling y de promotor ChIP on Chip.

El Servicio dispone del sistema más avanzado de microarrays, diseñados por la empresa líder Affymetrix. Este sistema, denominado Genechip®, proporciona una metodología eficaz, fiable y reproducible para la obtención de la información génica. Además, dicha plataforma permite la posibilidad de diseñar tu propio chip con los parámetros y las secuencias que se desee.

La secuenciación masiva o NGS ofrece una gran resolución a nivel de nucleótido para la detección de todo tipo de alteraciones genómicas (SNPs, indels, CNV, aberraciones cromosómicas) con la ventaja añadida de no necesitar conocimiento previo de la secuencia.

La técnica de RNA-seq hace posible el estudio del transcriptoma con una mayor sensibilidad y precisión (expresión de genes, nuevas isoformas, fusión de genes, transcritos poco abundantes, antisentido o long non coding RNAs).

Servicios

• Array para estudio de expresión génica tradicional para el análisis convencional de patrones de expresión.
• Array para estudio del transcriptoma completo (expresión diferencial a mayor profundidad, contempla transcritos sin extremos PolyA: lncRNA, lincRNA,…)
• Array para estudio de variantes de splicing (expresión génica y a nivel de exones)
• Array para estudio de small-RNA (mecanismos mediados por miRNAs, pre-miRNA, snoRNA, scaRNA).
• Array para mapeo transcriptómico (expresión génica, splicing aleternativo, miRNA,…)
• Array para estudio de interacciones ADN/proteína. Promotores.
• Array para estudio de citogenética molecular (aberraciones cromosómicas, submicroscópicas, pérdidas/ausencia de heterocigosidad, ganancias y pérdidas, disomías uniparentales y mosaicos. Control celular)
• Secuenciación de transcriptoma completo (Total RNAseq) y codificante (mRNAseq)
• Secuenciación de RNA en muestras Low input/Single cell
• Secuenciación de small RNAs (microRNAS, piRNAs, y otros small RNAs)
• Secuenciación de exomas (WES)
• Secuenciación de genomas completos (WGS)
• Secuenciación dirigida (paneles diseñados y custom, amplicones, captura)
• Secuenciación de estudios de metilación
• Arrays de Illumina Infinium Methylation EPIC y CytoSNP

Equipamiento

• NextSeq^TM 550 de Illumina: Plataforma de secuenciación NGS que incorpora además la función de escaneo de chips.
• Infinium Starter Pack: Equipo para la preparación de los Infinium Bead Chips de Illumina.
• GeneChip® Scanner 3000 7G. Equipo desarrollado por Affymetrix. Se trata de un escaner confocal.
• Affymetrix GeneChip Fluidics Station 450. Desarrollado por Affymetrix con el fin de optimizar y estandarizar el marcaje y lavado de los chips.
• GeneChip Hybridization Oven 640 y 645. Desarrollado por Affymetrix con el fin de garantizar la correcta hibridación de los chips.
• Agilent 2100 Bioanalyzer. Desarrollado por Agilent para analizar el estado de DNA, RNA y proteínas. Se trata de una electroforesis capilar.