Unidad de Bioinformática y Bioestadística

Introducción

La Unidad de Bioinformática y Bioestadística (UBB) es una plataforma central de INCLIVA creada en año 2013 con el objetivo impulsar, promover y ejecutar una investigación traslacional de calidad a través del apoyo metodológico y analítico. La UBB integra a una serie de profesionales con una alta especialización en el análisis de datos, tanto a nivel bioinformático como bioestadístico.

Actualmente, la UBB ofrece una amplia cartera de servicios disponibles tanto para el personal propio de la Fundación INCLIVA como para investigadores externos.

Ubicación

Esta unidad se encuentra ubicada en la planta baja del edificio INCLIVA.

Servicios

Nuestra misiónes impulsar, promover y ejecutar una investigación traslacional de calidad ofreciendo apoyo metodológico, analítico y computacional. Para ello, nuestro equipo pone a su disposición la tecnología más avanzada a través de la siguiente cartera de servicios:

1) Servicios de Bioinformática:

• Análisis de paneles de genes, exomas y genomas (SNVs, indels, CNVs) tanto en línea tumoral como germinal.
• Diseño y validación de paneles de genes.
• Ensamblaje ‘de novo’ de genomas de pequeño tamaño.
• Ensamblaje ‘de novo’ de transcriptomas.
• Análisis de datos de RNA-Seq (cuantificación de genes e isoformas, estudios de expresión diferencial, identificación de variantes y genes de fusión).
• Análisis de datos de microarrays (tanto expresión como metilación)
• Análisis de enriquecimiento funcional (identificación de funciones biológicas, componentes celulares, funciones moléculares a través de términos de gene ontology, identificación de rutas metabólicas alteradas y enfermedades relacionadas).
• Integración, análisis y visualización de datos de redes complejas.

2) Servicios de Bioestadística:

• Diseño de estudios clínicos/epidemiológicos.
• Cálculo de tamaños de muestra.
• Técnicas de simulación.
• Técnicas de análisis supervisado y no supervisado.
• Desarrollo de modelos estadísticos predictivos.

3) Servicios adicionales:

• Asesoramiento y apoyo metodológico en la redacción de protocolos, proyectos de investigación, artículos, trabajos de final de grado/máster y tesis doctorales.
• Data mining y análisis exploratorio de bases de datos públicas.
• Representación gráfica de resultados de investigación.
• Depuración y análisis de bases de datos.
• Formación a demanda.
• Consultoría.

Equipamiento

Centro de cálculo con 260 cores,  5TB de RAM,  250 TB de almacenamiento en servidores, de los cuales 14 son SSD de alta velocidad, para procesos de uso intensivo de almacenamiento como son alineamiento de secuencias cortas o el llamado de variantes a partir de ficheros BAM  y unos 300 TB para almacenamiento secundario.

Equipo Humano

Sheila Zúñiga Trejos
Juan Antonio Carbonell Asins
Pilar Natividad López